Peran Bioinformatika dalam Budidaya

Bioinformatika merupakan kajian yang memadukan disiplin ilmu biologi molekul, matematika dan teknik informasi. Bioinformatika berperan di bidang klinis dalam bentuk identifikasi mutasi gen penyebab penyakit, terapi gen, dan identifikasi gen penyakit baru. Sarana utama bioinformatika adalah berbagai perangkat lunak yang didukung oleh basis data yang tersedia pada world wide web. Bioinformatika sangat bermanfaat dalam dunia perikanan, terutama diaplikasikan untuk menunjang dalam kegiatan budidaya. Berdasarkan jurnal yang diperoleh dengan judul “Sekuen Asam Amino Anti White Spot Syndrome Virus(WSSV) pada Udang Windu (Penaeus monodon)”. Serangan patogen merupakan masalah yang cukup sulit untuk ditanggulangi terutama yang disebabkan oleh virus, karena pada umumnya dapat menyebabkan kematian massal dalam waktu yang cepat. Jenis virus yang menginfeksi udang dan dapat menyebabkan kematian massal antara lain White Spot Syndrome Virus (WSSV).

Udang merupakan kultivan budidaya yang menjadi primadona ekspor. Gen anti WSSV dapat diidentifikasi melalui teknik PCR dengan menggunakan primer khusus anti WSSV. Pengamatan secara histologi morfologis dengan mengamati organ-organ yang menjadi target utama serangan WSSV ditandai dengan munculnya bintik putih pada organ target dan perubahan warna tubuh kemerahan. Prosedur penelitian yang dilakukan yaitu pengambilan sampel, isolasi DNA udang, Amplifikasi Sekuen DNA WSSV dengan PCR, dan elektroforesis. Sampel udang diberi kode untuk melihat sekuen DNA WSSV pada hasil isolasi DNA udang, isolat DNA udang digunakan sebagai template untuk sekuen DNA WSSV dalam proses amplifikasi dengan PCR. Elektroforesis dilakukan untuk memvisualisasikan DNA WSSV udang yang telah diisolasi dan diamplifikasi.

Hasil yang diperoleh, diketahui kontrol positif (+) mengandung sekuen DNA WSSV. Sehingga sekuen gen anti WSSV pada DNA udang windu asal Kabupaten Indramayu bisa dikatakan homolog dengan sekuen gen Penaeus monodon AV gene, complate cds (no. Aksesi DQ641258.1) dan Penaeus monodon PMAV (PmAV) mRNA, complete cds (no. Aksesi AY3202750.1) dengan domain fungsional lektin tipe-c.

DAFTAR PUSTAKA

Supriatna, I., Yustiati, A. dan Iskandar. 2014. Sekuen Asam Amino Anti White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Windu (Penaeus monodon). Jurnal Ilmu-Ilmu Hayati dan Fisik. 16(1):40-46.